哈佛大学医学院附属医院包括：哈佛大学医学院附属麻省总医院、哈佛大学医学院附属布列根和妇女医院、哈佛大学医学院附属丹娜法伯癌症研究院、哈佛大学医学院附属斯波尔丁康复医院、哈佛大学医学院附属麦克莱恩医院、哈佛大学医学院附属波士顿儿童医院。哈佛大学医学院附属麻省总医院在2012-2013年度的《美国新闻与世界报道（US News & World Report）》美国最佳医院荣誉榜（the Honor Roll）中，在全美参评的5000多家医院中力拔头筹，位于榜单的第一名。哈佛大学医学院附属布列根和妇女医院位于榜单的第九名，由这两家医院联合成立的美国联盟医疗体系（Partners HealthCare）至今已产生18位诺贝尔医学奖获得者，在世界范围内享有盛名。

哈佛医学院（HMS）即哈佛大学医学院，是世界上最顶尖级的医学院，它因高超的医学技术与每年录取的学生最少而闻名世界。与商学院，法学院共同占有世界高等学术殿堂的一席地位。

麻省总医院（MGH）建立于1811年，是美国历史最悠久的三所医院之一，也是新英格兰地区建立最早、规模最大的医院和哈佛医学院建立最早、规模最大的教学医院。2015-2016年度美国《新闻与世界报道》中麻省总医院（MGH）综合排名全美第一。